Departament Planowania i Zasobów Wodnych (DPiZW) realizuje zadania w zakresie kształtowania ochrony i racjonalnego wykorzystania zasobów wodnych, ochrony przeciwpowodziowej wdrażania postanowień Ramowej Dyrektywy Wodnej oraz współpracy międzynarodowej dotyczącej gospodarowania wodami. W zakresie jego kompetencji leży opracowywanie programu wodno-środowiskowego kraju, planów gospodarowania wodami, a także sporządzanie planów ochrony przeciwpowodziowej i przeciwdziałania skutkom suszy oraz prowadzenie katastru wodnego. Ponadto DPiZW koordynuje działania związane z nadzorem Prezesa KZGW nad działalnością państwowej służby hydrologiczno – meteorologicznej i państwowej służby hydrogeologicznej. Do właściwości DPiZW należy także nadzorowanie realizacji Krajowego Programu Oczyszczania Ścieków Komunalnych.